мать asus , модель скажу чуть позднее, эверест не определяет ее.

Одновременно порты 3.0 перестали определять внешний жесткий диск, при этом порты 2.0 определяют его нормально, в чем может быть проблема? может ли это быть программной частью, или же сразу можно в ремонт нести?

В диспетчере устройств нету каких неизвестных устройств кстати. Мое имхо, если бы была проблема с драйверами, в диспетчере устройств то я бы видел как неизвестное устройство, возможно я и не прав.

Так же с обоих портов мой жесткий диск разгорается, т.е индикатор горит, да и телефон нормально заряжается, но телефон как накопитель подключить уже не могу (Android), через порты 2.0 телефон можно подключить тоже как накопитель.

А чем Everest лучше HardWareInfo? Первый платный и пока не разлочишь половину инфы утаивает, пиратка обновлению практически не подлежит, от чего может страдать "объективность оценки" железа. Второй бесплатный периодически обновляется. Предоставляет достаточно информации для оценки установленного железа, остальное излишки.
А последовательность в целом правильная - выяснить модель матери, выяснить контроллер USB 3.0, скачать и обновить драйвер на USB 3.0.
Неохота искать драйверы есть абсолютно бесплатный драйвер-пак на drp.su