мать asus , модель скажу чуть позднее, эверест не определяет ее.

Одновременно порты 3.0 перестали определять внешний жесткий диск, при этом порты 2.0 определяют его нормально, в чем может быть проблема? может ли это быть программной частью, или же сразу можно в ремонт нести?

В диспетчере устройств нету каких неизвестных устройств кстати. Мое имхо, если бы была проблема с драйверами, в диспетчере устройств то я бы видел как неизвестное устройство, возможно я и не прав.

Так же с обоих портов мой жесткий диск разгорается, т.е индикатор горит, да и телефон нормально заряжается, но телефон как накопитель подключить уже не могу (Android), через порты 2.0 телефон можно подключить тоже как накопитель.

А чем Everest лучше HardWareInfo? Первый платный и пока не разлочишь половину инфы утаивает, пиратка обновлению практически не подлежит, от чего может страдать "объективность оценки" железа. Второй бесплатный периодически обновляется. Предоставляет достаточно информации для оценки установленного железа, остальное излишки.
А последовательность в целом правильная - выяснить модель матери, выяснить контроллер USB 3.0, скачать и обновить драйвер на USB 3.0.
Неохота искать драйверы есть абсолютно бесплатный драйвер-пак на drp.su

Переустановление дров не помогло, как проверить видит ли вообще диспетчер устройств эти порты. Я просмотрел все контролеры USB, ни одно из устройств не использовало данного драйвера, который я в конечном итоге удалил. Или может оно в другом разделе, но даже не смотря на то, что я удалил драйвера, диспетчер не видит никаких неизвестных устройств

в биосе включены порты USB 3.0 ?

Не смог найти такую фичу в биосе, чтоб порты 3.0 можно было бы отдельно отключать и включать, ничего в биосе не менялось.

другие устройства (флешки, USB-модемы, другие внешние жесткие диски и т.д.) при подключении к портам тоже не определяются ? Кстати, everesta уже давно нет, сейчас вместо него AIDA64, скачайте по-свежее версию и смотрите что у вас там среди USB-устройств значится.

Когда я удалил драйвера, диспетчер устройств даже не сказал о том, что найдено новое неизвестное устройств, не помогла переустановка дров.

неси на диагностику тогда