или...
При отсутствии признаков предпринимательской деятельности, связанной с этим помещением, физлицо имеет право в данном случае не платить НДФЛ (статья 217 НК РФ п.17.1), и даже декларацию ему подавать не нужно. Нежилое недвижимое имущество в законе определяется как <иное имущество>, и с этим всё понятно. А вот с предпринимательской деятельностью может оказаться сложнее.
При продаже недвижимости налоговый орган получает информацию, где фигурирует только ФИО продавца. Но, конечно, налоговая может проверить, фигурировал ли продавец в последние 3 года как ИП (или юрлицо) и вёл ли он какую-либо хозяйственную деятельность по данному адресу. Если не фигурировал и не вёл, вопрос об уплате НДФЛ снимается. Даже если гражданин сдавал это имущество в аренду как физическое лицо, это не означает, что такова была его предпринимательская деятельность, хотя налоговый орган может в принципе попробовать доказать обратное. Однако, если гражданин, сдавая имущество, честно платил НДФЛ - государству, как правило, просто нет смысла возвращать одни налоги, чтобы заставить заплатить другие.
Но, предположим, у налоговой сложилось чёткое ощущение, что что-то тут нечисто и налоги явно недоплачены, Или, скажем, всплывает такой факт, что ещё 2 месяца назад гражданин был зарегистрирован в качестве ИП, сдавал отчётность, а потом вдруг раз - и закрылся. И продал помещение от физлица, владевшего этой недвижимостью больше 3х лет, как бы никакой деятельности там не ведущего и считающего, что никаких налогов оно, физлицо, платить не должно. Если налоговый орган в столь скорую трансформацию ИП не верит, обычно по адресу проданной недвижимости начинают искать следующее:
данные о регистрации и отчёты фискальной памяти контрольно-кассовой техники;
договоры аренды помещения, заключённые от имени ИП, книгу учета доходов и расходов, договоры на оказание коммунальных затрат и эксплуатационных услуг;
копии бухгалтерских документов, накладных, счетов-фактур, где в качестве грузоотправителя или грузополучателя значится искомый ИП, а его адресом - то самое нежилое помещение; договоры на оказание услуг по охране помещения, банковские документы и т.п.
Если ничего этого за временными пределами сданной самим ИП отчетности не нашлось, то возразить на закрытие ИП и продажу недвижимости физическим лицом налоговикам будет, скорее всего, нечего. Ещё очень помогает доказать свой чисто физический статус наличие у бывшего ИП новой работы на момент продажи недвижимости.