Моё мнение. Не зависит емкость аккумулятора от генератора!
Пример на пальцах:
Из крана капает (ну или льется с определенной скоростью) вода в сосуд.
Так вот, крану вообще фиолетово какая ёмкость этого сосуда - он всё-равно её будет наполнять, пока может.
А вот наполнится сосуд или нет зависит только от времени.
Кран - это генератор, сосуд - это аккумулятор.
Применительно к системе автомобиля:
Есть генератор, который выдает определенный ток в единицу времени (зависит от оборотов). Есть потребители. Есть аккумулятор определенной ёмкости (изначально заряженный на 100%).
Имеем: АГ(В, О) - функция тока генератора в единицу времени в зависимости от оборотов.
П(В) - потребление автомобиля в единицу времени.
А - общая ёмкость аккумулятора.
Об(В) - обороты двигателя в определённый момент времени.
При старте двигатель возьмет от из аккумулятора ток АА.
В дальнейшем, при работе двигателя, в определенное время В0
если АГ(В0, Об(В0)) < П(В0) (ток генератора меньше потребления), то происходит забор разницы из аккумулятора,
если АГ(В0, Об(В0)) > П(В0), то происходит зарядка аккумулятора (пусть будет идеальный случай, и вся разница уйдет в зарядку, хотя в реальности часть тока уйдет в тепло 
).
Так вот.
Математически:
если АА окажется больше чем суммарная разница АГ(В, Об(В)) - П(В) за всё время работы аккумулятора, то он окажется у вас не дозаряженным.
Почему же происходит недозаряд:
1. Плохой генератор (выходной ток мал)
2. Малое время зарядки
3. Много потребления в эл.сети авто
Вот еще ссылка по этой теме:
http://info.auto.ru/diesel/faq/article/708.html
Пишите ваши мнения, но обосновывайте.