Собираюсь съездить в Прагу, интересует как лучше всего добраться в дальнейшем до города Брно, какой транспорт наиболее оптимален и выгоден?

По Чехии в частности и по близлежащим странам самый быстрый и дешевый способ - автобусы Student agency https://jizdenky.regiojet.cz/ . В Брно автобусы ходят чуть ли не каждые полчаса.
Поезд, как правило дольше и дороже.