Выдвинутый непонятными кругами, Фухимори неожиданно выигрывает у всемирно известного и уважаемого писателя. Новый деятельный президент тут же объявляет войну терроризму, курс на экономические реформы.
Президентство Фухимори начинается с обвинения в мошенничестве в сделках с недвижимостью, но доказательства вскоре исчезают.
Декабрь 1991 – убито 15 человек в Barrios Altos, июль 1992 – убийство 9 студентов с профессором. Позже будет доказано, что убийства совершила «Группа Молино» – эскадрон смерти, организованный предприимчивым, внимание, Владимиром Лениным Монтесинос, бывшим капитаном спец служб, благодаря дружбе с Фухимори ставшим главой всех служб безопасности.
Апрель 1992 – приостановление действия Конституции, роспуск Конгресса позволяет партии Фухимори добиться большинства в парламенте.
12 сентября 1992 – большая победа Фухимори. Производится захват лидера «Светлого Пути» Абимаэля Гузмана, тоже профессора, к слову. Гузмана приговорили к 25 годам тюрьмы, в обмен на то, что он обратится к своим сторонникам с просьбой сложить оружие.
Рейтинг Фухимори составляет 73 %.
Проводит политику увольнения судей, десятков генералов полиции несогласных подчинятся его негласным политике. Вводит строгую цензуру в СМИ.
С самого начала на посту президента, по совету МВФ, проводит операцию «Шок» в экономике: приватизация государственных предприятий, свободный рынок, новая монета «новый соль». Эта политика приносит плоды: 1994 – экономика Перу выросла на 13%. За это заплатили простые люди: массовые увольнения, понижение уровня зарплат.
Январь 1995 год – молниеносная победа в пограничном конфликте с Эквадором помогает Фухимори добиться уступок в территориальном споре.
В том же году переизбирается президентом на второй срок.
1996 – Перуанский Конгресс отказывается расследовать деятельность Монтесиноса, главы аналога СК. В том же году, арестованный наркобарон Димитрий Чавес признается что платил 50 млн $ в месяц Владимиру Ленину Монтесинесу за протекцию, впрочем, позже под пытками он откажется от своих показаний.
1996 – Против Монтесинеса выступает телеканал Frecuencia Latina, обличая его преступления. Результат: у владельца телеканала отбирают перуанское гражданство. Суд выступает на стороне Владимира Ильича.
В том же году другая террористическая организация «Тупак Амару», названная так в честь последнего правителя инков, организовывает захват японского посольства в Лиме во время приема. В результате операции спецслужб все террористы и один заложник были убиты. Рейтинг Фухимори взлетает до небес.
В августе 1996 года, Фухимори пробивает поправки в закон, позволяющие ему переизбраться на 3–ий срок.
В конце девяностых сталкивается с растущей непопулярностью, обвинениями в коррупции и мошенничестве.
Прелюдией к президентским выборам 2000 года, стали парламентские, в ходе которых сколоченный власть имущими блок «Перу 2000» обвиняли в предоставлении 1 млн. фальшивых подписей для регистрации, а правительство закрыло оппозиционную газету за неуплату аренды и враждебный телеканал за уклонение от налогов.
В 2000 году на президентских выборах, второй кандидат Алехандро Толедо снимает свою кандидатуру после первого тура завершившегося 40:48, призвав сторонников портить бюллетени, мотивируя это тем, что выборы сфальсифицированы. В день третьей по счету инаугурации Фухимори проходят многочисленные акции протеста.
В том же году публикуется видео на котором Монтесинос дает взятку в 15 млн долларов оппозиционному депутату за переход в партию власти. Позже всплывут и другие видео и аудио файлы, подтверждающие тотальную коррупцию в стране. Как результат, Монтесинос бежит из страны.
13 ноября 2000 года, в разгар обличительных скандалов, Фухимори отправляется на саммит АТЭС. Позже выезжает в Японию, откуда отправляет факс в котором отказывается от поста президента. У него оказывается есть японское гражданство, которое по закону он иметь не мог.
Конгресс запрещает Фухимори занимать любые посты в Перу с формулировкой «отсутствие морали на постоянной основе».
Специальный прокурор Министерства Юстиции Перу выявляет и замораживает счета и собственность клана Фухимори:
• 140 млн долларов в Швейцарии
• 64 млн на Каймановых островах
• 20 млн в США
• 18 млн в Перу
• 4 млн в других странах
6 ноября 2005 года Фухимори прибывает в Чили на частном самолете. На следующий день он арестован.
Над ним было много процессов, но в общей сложности суд приговорил его к:
• 6 годам за попрание прав и свобод
• к 2 дополнительным к первым 6 за злоупотребление властью.
• к 25 годам за организацию эскадронов смерти.
• к 7 годам за дачу взятки Владимиру Ленину Монтесиносу в размере 15 млн долларов из средств перуанского казначейства.