Гараж в гаражном кооперативе и находится в собственности. Стоит в ряду гаражей(стены смежные с соседями).
Какие инстанции нужно пройти и какие бумаги подготовить?

никакие.

у председателя разрешение спросить, и у соседей. после постройки второго этажа будут сугробы снега на соседских крышах

делай скат в том же направлении как у всех, разрешения можешь и не спрашивать. прошли те времена.