Сдавал ЕНВД 3 года (подсказали в налоговой консультации) а работал в осносвном с организациями, недавно узал что с орагизациями работают по УСН что дееееелааать!

Так, без паники!
ЕНВД применяют организации в обязательном порядке если Ваш вид деятельности попадает под ЕНВД. Хоть с организациями Вы работаете, хоть с кем. Перечень видов деятельности перечислен в Налоговом кодексе. Если Ваш вид деятельности не попадает в этот список, то Вы должны применять общий режим или УСН.
Надо знать, каким видом деятельности Вы занимались, как производились оплаты, велся ли БУ, чтобы дальше Вам что-то советовать