Микрофлора свежесмолотой муки, как и крупы, в основном представлена микроорганизмами перерабатываемого зерна. Основная масса состоит из бактерий, среди которых преобладают (до 90%) Erwinia herbicola. На втором месте находятся спорообразующие бактерии, доминирующими из которых являются картофельная и сенная палочки. В небольших количествах имеются Bacillus pumilus, B.cereus, var. mycoides, различные микрококки, молочнокислые и уксуснокислые бактерии, а также дрожжи и споры плесеней. Среди плесеней преобладают виды родов Penicillium и Aspergillus, встречаются мукоровые грибы. Микрофлора муки количественно беднее микрофлоры перерабатываемого зерна, так как при его очистке перед помолом и в процессе помола значительное количество микроорганизмов удаляется вместе с загрязнениями и оболочками зерна, богатых микробами. Степень обсеменения муки микроорганизмами колеблется в широких пределах и определяется не только степенью обсеменения перерабатываемого зерна, но и характером подготовки его к помолу (способом очистки, применением и режимом кондиционирования - увлажнения с последующим отволаживанием), а также способом помола, процентом выхода муки, ее сортом.
Исследования изменения микрофлоры зерна в процессе подготовки к помолу, проведенные МИНХом им. Г. В. Плеханова в производственных условиях на нескольких партиях пшеницы, показали, что в результате сухой очистки обсемененность зерна бактериями снижается на 25-40%, спорами плесеней - на 20-30, а при мокрой очистке - соответственно на 45-60 и 30-40%. Холодное кондиционирование (при температуре воды около 20.С, с короткой (до 6-7 ч) отлежкой увлажненного зерна не изменяет состав микрофлоры. При увеличении времени отволаживания (более 10-12ч) возрастает число микроорганизмов на зерне, и тем больше, чем продолжительнее отлежка.
При горячем кондиционировании изменение микрофлоры зависит от температуры нагрева зерна. Так, при 30.С происходит увеличение численности микрофлоры, при 45.С - некоторое снижение ее.
Чем ниже сорт муки, чем больше в нее попадает периферийных частиц зерна, тем больше содержится в ней микроорганизмов. Количество спор плесеней в муке всех сортов (чем ниже сорт, тем больше) превышает содержание их в перерабатываемом зерне. Продукты помола при прохождении через машины (драные, размольные) обсеменяются спорами плесеней в результате соприкосновения частичек муки с отделяющимися оболочками зерна, производственной аппаратурой, потоком воздуха используемого в производственном процессе.