Полно сейчас герметиков различных, для дерева, с внутренней стороны паронепроницаемый, с наружной паропроницаемый.....

Сразу герметиком заделать ,без утеплителя ? щели большие

Вы бы фото проблемы выложили, а то какое-то лечение по телефону.
То как я прочитал - вы пишите про место примыкания сруба к цоколю (кирпич?)с щелями из-за неровности бревна.
Как правило там укладывают 2 слоя ингибиторной гидроизоляции и все, это место образования конденсата за счет разной теплоемкости материалов. загерметизируйте - мох сам нарастет.