Можно и не форматировать... С LiveCD переименовать папки Windows и Program Files на, к примеру, Win и Pro. А потом ставить винду. У мну прокатывало такое в ХР. В семерке не пробовал - проще файлы нужные сохранить и переустановить снова на диск С.

Ещё проще:
Устанавливаешь не форматируя диск,затем набираешь в инете как удалить вторую Винду с диска и все,удаляешь,остаётся та,которая нужна(там должна быть команда для вызова меню настроек системы,я не помню комбинацию)