Прочитал, что нельзя держать папку приложения на диске, где создаются точки восстановления системы и держать постоянно включенной синхронизацию.
Если сделать восстановление системы, все добавленные файлы, которых нет в восстановленной удаляются с облака без возможности их восстановить.

это для какого сервиса?
Или это всех касается?
Я примерно то же спросил у техподдержки яндекса - жду ответа...

Я убрал всех сервисов папки на другой диск и отключил автозагрузку и синхронизацию.