в этой статье есть оговорка: "при отсутствии иного соглашения"

"В связи с изложенным судам следует иметь в виду, что соглашением сторон может быть изменен порядок погашения только тех требований, которые названы в статье 319 Кодекса (например, стороны вправе установить, что при недостаточности платежа обязательство должника по уплате процентов погашается после основной суммы долга)" (п.2. Информационного письма Президиума ВАС РФ от 20.10.2010 N 141 "О некоторых вопросах применения положений статьи 319 Гражданского кодекса Российской Федерации")
Плюс в договоре положений об очередности нет, но должник оплатил штраф, указав это в назначении платежа.

там же: Судам также необходимо иметь в виду, что положения статьи 319 ГК РФ не являются препятствием для предъявления кредитором до погашения основной суммы долга иска в суд о взыскании с должника неустойки или процентов за пользование чужими денежными средствами.

а по вашему вопросу: Может ли штраф за нарушение неденежного обязательства по договору займа быть погашен ранее суммы основного долга?
встречный вопрос: какое неденежное обязательство содержится в договоре займа?

вроде как, вы подводите к мысли о том, что штраф - всегда в конце погашается. попробуйте и перед правоприменительным органом ее обосновать (говорю без язвы, просто попробуйте). имхо, это разъяснение расширительное чересчур, нарушает свободу договора, так как по ст.395 - это тоже проценты, а не неустойка
а это информационное письмо ВАС рассчитано на период кризиса, неплатежи и т.п., для снижения бремени, количества попаданий в "долговую яму", особенно потребителей по кредитам/займам

Спасибо за ответ, в свежей судебной практике видела решения как в ту так и в другую сторону, так что поробую обосновать.