Не совсем так, но оформить его можно только в консульстве Литвы в Калининграде, т.е. вначале нужно попасть в Калининград - самолетом, например.
Значит, нужно оформить шенгенскую визу в ближайшем визовом центре Литвы - в Казани/Перми/Уфе.

Из Питера паромом.

на пороме тоже визу надо вроде бы

Каким местом? Это территория России, и даже если вдруг он зайдет в зарубежный порт, то Вас на причал ни кто не пустит.

а как же преодоление территориальных вод?

цены конские на пароме, 23300 за машину плюс за пассажира 8500, на самолете дешевле получится