Общество с ограниченной ответственностью имеет в собственности земельный участок и здание, расположенное на данном земельном участке. В ООО принято решение о продаже здания и земельного участка. Здание и земельный участок стоят на балансе организации по цене ниже кадастровой.
Покупателем земельного участка и здания является физическое лицо, не являющееся взаимозависимым по отношению к продавцу.
Может ли организация продать данные объекты недвижимости по балансовой стоимости и не будет ли в этом случае со стороны налоговых органов вопросов и доначислений налога с продажи?

Рассмотрев вопрос, мы пришли к следующему выводу:
Для целей налогообложения цены, применяемые в сделках, сторонами которых являются лица, не признаваемые взаимозависимыми, а также доходы (прибыль, выручка), получаемые лицами, являющимися сторонами таких сделок, признаются рыночными, в том числе и при реализации имущества по цене ниже кадастровой стоимости. В рассматриваемой ситуации оснований для корректировки доходов, полученных при продаже земельного участка, у налогового органа возникнуть не должно. Однако в целях минимизации налоговых рисков рекомендуем, прежде чем заключать договор купли-продажи имущества, провести его независимую оценку.

http://www.garant.ru/consult/nalog/1332665/