формально считается так
НДС с 1000 000 - 152542,37 к уплате в налоговую
НДС с 500 000 - 76271,19 к возмещению от налоговой
итого к уплате в буджет= разница между первым и вторым 76271,18, и совершенно нет разницы куда вы потратите оставшиеся 426728.28 ( с точки зрения НДС)

вот если бы Вы считали налог на прибыль, то там разные виды расходов могут уменьшить сумму налога на прибыль. Кроме ЗП и стоимости материалов еще и аренда, транспортные расходы и т.д.

Всем спасибо за помощь! Теперь картина более или менее ясна.