К этой проблеме нужен комплексный подход. У меня этот сволочной хрен растет на самом козырном месте в цветнике, жирный такой кустище, пользовалась советами из первой попавшейся в инете статьи:
http://www.kakprosto.ru/kak-12...-hren-s-ogoroda , кроме укрытия рубероидом, вместо этого сажала поверх бархатцы - под ними тень тоже неплохая получилась. До конца его вывести пока не получилось, но листья вылезли только к середине августа, да и куст стал значительно меньше и как-то "печальнее", возможно, года за 2-3 можно окончательно от него избавиться.
Известкование, как советовала crf.irf, тоже попробую - как раз рядом посажены клематисы и многолетняя астра.